CORESERVERでは、httpd.conf の代わりに、.htaccessにより、Apacheの挙動を制御することができます。
しかしながら、httpd.confのすべての事項を.htaccessで制御できるわけではなく、一部のディレクティブは、設定が許可されていません。
たとえば、今回、<Directory> ディレクティブを使用して、特定のディレクトリにのみBasic認証をかけようとしたところ、認証がかかりませんでした。
原因は、.htaccessでは、<Directory> ディレクティブの使用が許可されていないからです。
これは、なかなか不便ですが、サーバーの仕様であり如何ともしがたいです。
これに対して、<Files> ディレクトリは、使用できます。アクセス制御（ORDER）等のために使われるものです。
結論としては、CORESERVERの .htaccessにおいては、<Directory> ディレクティブは、不可だが、<Files> ディレクトリは可能ということです。
もし、<Directory> ディレクティブも使えるという方法がありましたら、ぜひコメントをお願い致します。
以上です。